سطح تنظیم را پیش از تحلیل مشخص کن
سؤال دربارهٔ دسترسی به ژن، آغاز رونویسی، پردازش، ترجمه یا پایداری محصول است؟ همهٔ تغییرهای بیان ژن در یک مرحله رخ نمیدهند. اجزای شکل تعیین میکنند کدام سطح مطرح است.
اجزای دنا و فرآوردهها را دستهبندی کن
ژنهای ساختاری، ناحیههای تنظیمی و ژن یا عامل تنظیمکننده را با رنگهای جدا علامت بزن. محل روی دنا را با مولکولی که به آن متصل میشود یکی ندان.
عامل محیطی | پروتئین تنظیمی | محل اتصال | دسترسی آنزیم رونویسی | رونویسی | محصول | بازخورد
حضور پروتئین را از فعالبودنش جدا کن
ممکن است پروتئین تنظیمی ساخته شده باشد اما شکل اتصال یا توان اثرگذاری آن به مادهٔ دیگری وابسته باشد. برای هر وضعیت، شکل و عملکرد را جدا بررسی کن.
اتصال را به اثر مستقیمش وصل کن
پس از مشخصشدن محل اتصال، بپرس این رویداد دسترسی یا فعالیت دستگاه رونویسی را بیشتر یا کمتر میکند. از «متصل شد» مستقیم به مقدار نهایی نپر؛ مرحلهٔ رونویسی را بنویس.
فعالکننده و مهارکننده را از پیامد تشخیص بده
نام عامل را با افزایش یا کاهش احتمال رونویسی و سازوکار اتصالش پشتیبانی کن. وجود یک پروتئین کنار ژن بهتنهایی نقش مثبت یا منفی را ثابت نمیکند.
حضور مادهٔ محیط را در دو سناریو مقایسه کن
جدول «ماده هست / ماده نیست» بساز و در هر ستون وضعیت عامل تنظیمی، اتصال و محصول را کامل کن. یک تغییر را در هر مرحله دنبال کن تا جهت نتیجه وارونه نشود.
مقدار رنا و پروتئین را زماندار بخوان
افزایش رونویسی میتواند ابتدا رنا و سپس محصول پروتئینی را تغییر دهد. اگر نمودار زمانی داده شده، تأخیر مراحل و محور هر منحنی را بررسی کن و همزمانی کامل را فرض نکن.
جهش فرضی را از محل اثر تحلیل کن
اگر ناحیهٔ اتصال، ژن تنظیمی یا پروتئین تغییر کرده، نخست نزدیکترین فرایند آسیبدیده را پیدا کن. سپس اثر را تا رونویسی و محصول ادامه بده. همهٔ جهشها یک پیامد ثابت ندارند.
بازخورد را با جهت حلقه توضیح بده
اگر محصول یا مادهای در ابتدای مسیر اثر میگذارد، پیکان بازگشت را مشخص و بنویس افزایش آن کدام حلقه را تقویت یا مهار میکند. نتیجه را با پایداری یا تغییر سامانه تطبیق بده.
پاسخ را با شکل و مقایسه کنترل کن
هر پیکان و محل اتصال باید در جملهٔ تو نقشی داشته باشد. برای مراحل ساخت محصول از راهنمای رونویسی و ترجمه و برای شکل از راهنمای تحلیل شکل کمک بگیر.